L'auteur se propose de récapituler et d'exposer de façon systématique les phases de la découverte et de la publication des manuscrits de la mer Morte afin de mettre un terme aux théories fantaisistes sur de prétendues conspirations et intrigues, toujours ancrées dans l'imaginaire collectif.
Mais plus profondément, Simone Paganini revisite de fond en comble les hypothèses de la recherche sur Qumrân. Il tente de dégager de nouveaux points forts, de nouvelles solutions à la question de la nature et de la fonction du site qumrânien, de ses habitants, de leur rapport avec les manuscrits retrouvés dans les onze grottes. Il bouleverse ainsi «l'hypothèse essénienne» et relance les multiples interrogations de la recherche sur une des plus formidables découvertes archéologiques du XXe siècle.