Blu et Perla sont les derniers représentants des aras bleus, espèce de perroquets en voie de disparition. Tulio, un scientifique brésilien, parvient à convaincre Linda, la maîtresse de Blu, d'emmener le perroquet à Rio, à la rencontre de Perla. Mais des braconniers ne tardent pas à enlever les deux oiseaux...