Lorsque Alice retourne aux Pays des Merveilles, tout ne va pas pour le mieux dans le meilleur des mondes. Le Chapelier Fou a perdu sa «fol-toquitude» ! C'est-à-dire qu'il est devenu horriblement et dangereusement normal. Quant à la Reine Rouge, qui a été bannie, elle a échafaudé un plan machiavélique pour s'emparer de nouveau du trône...
Alice ne tarde pas à comprendre que la seule façon de sauver le Chapelier - et le Pays des Merveilles - est de remonter le fil des années afin de réparer les erreurs du passé. Mais le Temps ne joue pas forcément en sa faveur. Pire, le Temps veut arrêter Alice !