Pillars of Eternity spielt in der eigens erdachten Fantasywelt Eora, die an das europäische Mittelalter und die frühe Renaissancezeit angelehnt ist, in der aber auch Magie möglich ist. Der Spieler ist auf der Reise in ein Dorf namens Goldtal, das in Dyrwald gelegen ist, einer ehemaligen Kolonie des Kaiserreichs Aedyr. Seine Karawane wird überfallen, die Mitreisenden getötet und er gerät in einen magischen Sturm, durch den eine besondere Fähigkeit in ihm erweckt wird. Er wird zu einem Wächter, der die Seelen anderer Lebewesen lesen und so ihre Vergangenheit erkunden kann.