Drei Jahre nach der Zerstörung der ersten "seaQuest" übernimmt Captain Nathan Bridger (Roy Scheider) im Jahr 2021 das Kommando des fantastischen Nachfolgemodells "seaQuest DSV 640-II". Unter Bridgers entschlossener Führung kämpfen altbewährte Crewmitglieder wie Lucas Wolenczak (Jonathan Brandis) und Neuzugänge wie Dr. Wendy Smith in allen Weltmeeren gegen Genmonster, außerirdische Invasoren, tödliche Riesenpflanzen und heimtückische Doppelgänger, um das Überleben der Menschheit in ihren Unterwasser-Kolonien zu sichern. Elf neue, faszinierende Geheimnisse warten in den endlosen Fluten der Ozeane darauf, von Bridger und seiner "seaQuest"-Crew gelöst zu werden!