Die NERDS sind wieder im Einsatz! Diesmal müssen die superschlauen Spione gegen ihren schlimmsten Widersacher antreten: Ihr ehemaliges Teammitglied Heathcliff Hodges, genannt der Kaiser, plant endgültig die Welt zu zerstören. Hilfe bekommt er von einem computerbegeisterten Comicfan namens Albert, der mit 30 immer noch bei seiner Mutter wohnt. Albert hat einen Laser entwickelt, der die Nanobytes außer Kraft setzt, die den NERDS ihre Superfähigkeiten verleihen. Damit sind sie plötzlich wieder einfach nur ganz normale, sozial etwas unbeholfene Schüler. Werden sie es trotzdem mit dem Kaiser aufnehmen können?