Tokyo est entièrement contrôlée par la végétation et d'abominables êtres hybrides. Emmenés par Eudyptes, Akira et un petit groupe de survivants décident de remonter à la surface pour aller chercher des armes. Ils attendent la nuit, le moment propice où les plantes ne sont pas actives, pour se mettre en route... Mais d'autres dangers grouillent dans ce décor apocalyptique.